Mit Bestehen der Aufnahmeprüfung am Musikgymnasium Carl Philipp Emanuel Bach erhalten die Schüler den Gasthörerstatus an einer der beiden Berliner Musikhochschulen.
Sie erhalten wöchentlich 90 Minuten Unterricht auf ihrem Hauptinstrument und ab der 7. Klasse zusätzlich 45 Minuten Klavierunterricht, falls nicht Klavier Hauptinstrument ist. Dazu kommen 20 Minuten Korrepetition bei professionellen Klavierbegleitern.
Der Tonsatz- und Gehörbildungs-Unterricht wird ebenfalls durch Dozenten der Berliner Musikhochschulen erteilt, jedoch zusätzlich so weit wie möglich als Teil des allgemeinbildenden Unterrichts anerkannt und auf den Schulzeugnissen ausgewiesen.
Durch die Ensemblearbeit in Chor (ab 5. Klasse) und Orchester (ab 8. Klasse) wird die künstlerische Ausbildung vervollständigt.