Das Sinfonieorchester des Musikgymnasiums Carl Philipp Emanuel Bach hat es unter der Leitung der Dirigenten Samuel Lee und Aurélien Bello zu hoher fachlicher Anerkennung gebracht. Die Schülerinnen und Schüler im Orchester besuchen die Klassen 9-13. In den letzten Jahren standen große Werke der Orchesterliteratur, wie Beethovens zweite, fünfte und siebte Sinfonie, Sinfonien Mozarts, Mendelssohns, Tschaikowskis und Dvořáks sowie zahlreiche Instrumentalkonzerte in der Berliner Philharmonie, dem Konzerthaus Berlin und weiteren renommierten Konzertsälen auf dem Programm. Die Orchesterproben sind wöchentlich in den Schulstundenplan integriert. Vor Konzerten finden in der Regel Intensivprobentage statt. Die Registerproben werden von Christian Trompler (Violinen), Marion Leleu (Violen), Zoé Cartier (tiefe Streicher), Norbert Möller (Holzbläser), Jonathan Bucka (Blechbläser) und Prof. Sanja Fister (Schlagzeug) geleitet. Seit 2007 besteht eine enge Partnerschaft unseres Sinfonieorchesters mit dem Konzerthausorchester Berlin.