Das Fach Geschichte wird in den Klassen 5 bis 10 jeweils zweistündig in der Woche unterrichtet. In den Klassenstufen 11 und 12 (1. bis 4. Semester) werden die vier Kurse jeweils 3stündig unterrichtet.

Die Schüler haben ab dem 1. Semester die Wahl zwischen Geschichte und Politische Wissenschaften (PW) und schließen das gewählte Fach am Ende des 4. Semesters mit dem Abitur ab (ab dem Schuljahr 2014/15 handelt es sich im Fach Geschichte um ein Zentralabitur, in PW wird bis auf weiteres eine individuell vom jeweiligen Fachlehrer ausgearbeitete Abituraufgabe gestellt). Da die Schüler des Musikgymnasiums 13 Schuljahre bis zum Abitur durchlaufen, belegen die Schüler, die in Geschichte ihr Abitur abgelegt haben, in der 13. Klassenstufe zwei Semester PW, während diejenigen, die in PW ihre Abiturprüfung hatten, zwei Semester Geschichte absolvieren.

In den Inhalten der verschiedenen Klassenstufen orientiert sich der Fachunterricht am Rahmenlehrplan für Geschichte. In den Klassenstufen 5 bis 10 wird jeweils eine Einheit sozialkundlichen Inhalts behandelt. Aber auch im Geschichtsunterricht wird kontinuierlich der Bezug zwischen Vergangenem und Gegenwärtigem hergestellt und bearbeitet; so wird z.B. bei der Betrachtung und Analyse unterschiedlicher politischer Herrschaftsmodelle aus den verschiedenen Jahrhunderten die jeweilige Herrschaftsform genau betrachtet und mit der in der Bundesrepublik Deutschland herrschenden politischen Ordnung verglichen. Auf diese Weise werden die Schüler befähigt, das demokratische Prinzip in seiner historischen Entwicklung zu begreifen und wert zu schätzen. Damit wird vor allem die Sach- und Analysekompetenz geschult.

Den Inhalten der verschiedenen Klassenstufen entsprechend wird einmal im Jahr eine Exkursion pro Klasse mit geschichtlichem Inhalt durchgeführt. Dies dient der Veranschaulichung der im Schulunterricht erarbeiteten Inhalten und lässt die Schüler an der reichen Fülle von Museen in Berlin teilhaben.

Auch der fächerübergreifende Aspekt kommt zum Tragen, vor allem in der Abstimmung zwischen den Fächern Geschichte und Musik. Daher wird z.B. in der Klassenstufe 11 (im 1. Semester) das Mittelalter (neben der Antike) behandelt, was  als Grundlage zur Behandlung mittelalterlicher Musik und Literatur in den Fächern Musik und Deutsch dient, die ebenfalls im 1. Semester als Inhalte behandelt werden.